Chapitre 1 — Episode 1
D'abord, Rokuro Okajima, un salaryman japonais, se retrouve prisonnier à bord d'un navire en mer de Chine méridionale, interrogé par Dutch, le chef de l'équipage du Black Lagoon, au sujet d'un disque qu'il transportait depuis les Industries Asahi à Tokyo jusqu'à Bornéo. Dutch confirme que le disque constitue un paiement suffisant pour leur mission, tandis que Revy et Benny sont également présents en tant que membres de l'équipage. Dutch avertit ensuite les éclaireurs navals à proximité de ne pas les poursuivre, les menaçant d'un lance-torpilles avant de repartir avec Rokuro comme passager malgré lui. Ensuite, l'équipage du Black Lagoon arrive à Roanapur, une ville portuaire sans loi fondée par des déserteurs de la guerre du Vietnam, où Dutch reçoit des renseignements indiquant qu'un seigneur du crime chinois nommé Wan Taikei a envoyé des mercenaires de la compagnie Extra Order pour assassiner Rokuro. Pendant ce temps, Rokuro apprend la vérité choquante de la bouche de son supérieur Kageyama via radio : le disque contenait des plans de développement d'armes nucléaires, et les Industries Asahi l'ont délibérément abandonné, ordonnant sa mort pour garder le secret enfoui. À la fin, Kageyama dépêche un hélicoptère d'assaut lourdement armé pour éliminer Rokuro et l'équipage du Black Lagoon. Alors que l'appareil de combat fond sur le bateau et ouvre le feu, Rokuro atteint un point de rupture, confrontant avec fureur à la fois la trahison de sa propre entreprise et sa situation désespérée à bord du Black Lagoon, laissant son destin en suspens tandis que l'attaque de l'hélicoptère s'intensifie.